Counting Unique-Sink Orientations

Unique-sink orientations (USOs) are an abstract class of orientations of the n-cube graph. We consider some classes of USOs that are of interest in connection with the linear complementarity problem. We summarise old and show new lower and upper bounds on the sizes of some such classes. Furthermore, we provide a characterisation of K-matrices in terms of their corresponding USOs.Comment: 13 pages; v2: proof of main theorem expanded, plus various other corrections. Now 16 pages; v3: minor correction

Agile practices in a traditional environment

Abstract While Agile Practices and their underlying principles and values improve Agile teams, their use in non-Agile environments also help traditional teams improve their process and working-habits. This paper gives an overview of Agile practices that helped in a non-Agile environment. From my two years of experience as a QA group lead in a more traditional environment I will report about the change process towards more successful projects motivated by the testers. Practices like test-driven development, exploratory testing and Agile planning applied in the right way help testers of traditional teams succeeding on a technical basis. Improved communication through personal touch as well as whiteboard discussions help overcoming human bottlenecks. Based on examples from a real world case study, I show how we overcame process thinking and contract negotiations without explicitly using the term Agile

Interactive exploration and model analysis for coreference annotation

I present the design and implementation of an interactive visualization- and exploration-framework for coreference annotations. It is designed to meet the needs of multiple different users on a modern and multifaceted graphical exploration tool. To demonstrate its suitability for these various needs I outline several use cases and how the framework can help users in their individual tasks. It offers the user different views on the data with additional functionality to compare several annotations. Complex analysis of annotated corpora is supported by means of a search engine which lets the user construct queries both in a graphical and textual form. Both qualitative and quantitative result breakdowns are available and the implementation features specialized visualizations to aggregate complex search results. The framework is extensible in many ways and can be customized to handle additional data formats

RePlay-DH - Realisierung einer Plattform und begleitender Dienste zum Forschungsdatenmanagement für die Fachcommunity - Digital Humanities

Das Projekt RePlay-DH hat zum Ziel, ein Werkzeug zu entwickeln, das die Wissenschaftler bereits im Forschungsprozess bei der nachhaltigen Dokumentation und Archivierung der Forschungsdaten unterstützt. Das zentrale Element dabei ist der „RePlay-Gedanke“: Wiederauffindbarkeit und Reproduktion von Forschungsergebnissen. Um praxisnahe Lösungen zu schaffen, analysiert das Projekt hierfür exemplarisch Workflows aus der Computerlinguistik. Zwar kommen die Wissenschaftler in den digitalen Geisteswissenschaften oft sehr gut an die benötigten Werkzeuge und Eingabedaten, die Forschungsprozesse selbst werden jedoch häufig nur skizzenhaft dokumentiert. Mit RePlay-DH soll eine Möglichkeit geschaffen werden, den Arbeitsprozess der Forscher mit einem geringen Mehraufwand zu dokumentieren und für Dritte nachvollziehbar zu machen. Dazu wird ein Java-Client entwickelt, der mit Hilfe von einfachen Versionierungswerkzeugen den Dokumentationsworkflow der Forschenden gezielt unterstützt. In komplexen Projekten soll dieses Vorgehen dabei helfen, verschiedene Optionen während des Forschungsprozesses auszuloten und zu dokumentieren. Dabei bleibt es stets den Wissenschaftlern überlassen, welche Teile des eigenen Projekts archiviert, mit Kollegen geteilt oder veröffentlicht werden sollen

Detection and Characterisation of Lactobacillus spp. in the Bovine Uterus and Their Influence on Bovine Endometrial Epithelial Cells In Vitro

Bacterial infections and inflammation of the uterus are common in dairy cattle after parturition. In particular, pathogenic bacteria that cause endometritis have been the focus of research in cattle reproduction in the last ten years. The aim of the present study was to identify commensal lactobacilli in the bovine uterus and to examine their influence on the synthesis of pro- inflammatory factors in bovine endometrial epithelial cells in vitro. Lactobacillus species were isolated from healthy bovine uteri and further characterised. Bovine endometrial epithelial cells in the second passage (n = 5 animals) were co-cultured with the autochthonous isolates L. buchneri, L. ruminis and L. amylovorus as well as with a commercially available L. vaginalis in different multiplicities of infection (MOI = 1, 5 and 10, respectively). Endometrial epithelial cells cultured without bacteria served as controls. At distinct points in time (2, 4 and 6 h) total RNA was extracted from co-cultured epithelial cells and subjected to reverse transcription quantitative PCR of pro-inflammatory factors. Furthermore, the release of such factors by co-cultured epithelial cells was measured by ELISA or EIA after 24 and 48 h. L. ruminis and L. amylovorus induced increased interleukin (IL) IL1A, IL6, IL8 and prostaglandin-endoperoxide synthase 2 mRNA levels and the release of IL8 and prostaglandin F2α in endometrial epithelial cells compared with control cells. In contrast, L. buchneri did not significantly influence the expression and release of these factors. Toll-like receptors 2 and 6 transcripts were found unchanged in co-cultured and untreated epithelial cells in vitro. However, endometrial epithelial cells of each animal showed individual differences in the response to bacterial load. These results suggest that Lactobacillus species are present in the bovine uterus, revealing immunomodulatory properties

Nutrition in Pancreatic Cancer: A Review

Background: Pancreatic cancer is the fourth leading cause of cancer-related mortality in both genders. More than 80% of patients suffer from significant weight loss at diagnosis and over time develop severe cachexia. Early nutritional support is therefore essential. Summary: This review evaluates the different nutritional therapies, such as enteral nutrition, parenteral nutrition and special nutritional supplements, on nutritional status, quality of life and survival. Key Message: Due to the high prevalence of malnutrition and the rapid development of anorexia-cachexia-syndrome, early nutritional intervention is crucial and supported by clinical data. Practical Implications: Enteral nutrition should be preferred over parenteral nutrition. Omega-3 fatty acids and L-carnitine are promising substances for the prevention of severe cachexia, but further randomized controlled trials are needed to establish generally accepted guidelines on nutrition in pancreatic cancer

Nachträglich ist nicht gleich nachnutzbar: Ansätze für integrierte Prozessdokumentation im Forschungsalltag

Um Forschungsdaten auffindbar zu machen, müssen diese mit ausreichend Metadaten beschrieben werden. Damit die durch die Metadaten beschriebenen Forschungsdaten für andere Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler reproduzierbar sind, ist es notwendig, den Kontext ihrer Entstehung mit abzubilden. Gerade die Dokumentation dieses Entstehungsprozesses wird aber oft durch mangelnde Zeit im Forschungsalltag vernachlässigt. Auch fehlt es hier noch an niederschwelliger Unterstützung im Arbeitsprozess. Einige Methoden sind gerade dabei sich zu etablieren oder befinden sich in der Entwicklung. Im Folgenden werden Softwareanwendungen, die die Dokumentation erleichtern sollen, vorgestellt und mit der aktuell im Projekt RePlay-DH entwickelten Lösung verglichen. Der Ansatz der Virtuellen Forschungsumgebung setzt auf die Zusammenarbeit über eine gemeinsame Plattform. Das Elektronische Laborbuch unterstützt die Dokumentation im Labor. Das Workflow-Management definiert, im Gegensatz zum Workflow-Tracking, einen Workflow vor der Ausführung der einzelnen Arbeitsschritte. Dabei steht die prozessbegleitende Dokumentation im Mittelpunkt. Der Lösungsansatz, der im Projekt RePlay-DH verfolgt wird, besteht in der unterstützenden Dokumentation des Forschungsprozesses mit Metadaten durch ein vereinfachtes Workflow-Tracking. Die Integration in bestehende Arbeitsabläufe von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern und die einfache Bedienbarkeit stehen dabei im Vordergrund